灵活就业者交纳医保确实存在一定的吃亏情况。根据2022年上半年医保基金收支情况,基本医疗保险(含生育保险)基金收入15200.51亿元，其中职工基本医疗保险(含生育保险)9933.87亿元，城乡居民基本医疗保险5266.63亿元，基本医疗保险(含生育保险)基金支出11030.88亿元，其中职工基本医疗保险(含生育保险)6869.35亿元，城乡居民基本医疗保险4161.53亿元。虽然医保基金当期结存情况良好，但受人口老龄化程度加深、医疗费用增长较快等因素影响，医保基金的中长期平衡存在一定压力。因此，灵活就业者需要根据自身情况综合考虑是否选择参加医保。