支付宝花呗逾期记录的消失时间可能是2-3天，也可能是5年。具体说明如下：

1、2-3天消失

这是因为芝麻信用中有一项“逾期修复”功能，只需要支付宝用户的芝麻信用分在800分以上（含），再使用30粒芝麻粒即可主动修复支付宝花呗逾期记录。

由于支付宝花呗逾期结清后，系统同步数据可能需要2-3天时间，因此操作芝麻信用逾期修复使逾期记录消失至少也需要2-3天时间。

支付宝花呗逾期记录修复成功后，芝麻信用中的守约记录会将逾期状态更新为“已守约”。若修复成功后信用记录状态未更新，那可能是系统数据更新存在延迟，不妨耐心等待1-2天后再重新查看。

注意：2-3天时间修复的是芝麻信用中的花呗逾期记录，而不是央行征信中的逾期记录，且芝麻信用的逾期修复功能，每个月仅限修复1条逾期记录。

2、5年消失

支付宝花呗的使用情况、逾期情况都会如实体现在个人征信报告上，若想要征信报告上的花呗逾期记录消失，那么至少需要5年时间。

因为根据征信业管理条例的相关规定，个人征信上的不良记录自不良行为终止之日起保留5年，因此支付宝花呗逾期后，从逾期欠款结清之日起需要5年时间才能使征信报告上的逾期记录消失。

若个人对征信上的花呗逾期记录有异议，那么可以携带本人身份证前往当地征信分中心提出“异议申请”，填写异议申请表，明确指出有异议的数据项。征信分中心受理后，会联系花呗的管理机构进行核查，并于20个工作日内回复异议申请人。

若花呗逾期确实记录有误，且花呗的管理机构同意删除此条逾期错误项，那么支付宝花呗逾期记录的消失时间可能也就是20个工作日左右，但这种情况出现概率还是很小的。