南京林业大学的缺点如下：

1、非985、211大学

南京林业大学虽然在农林专业中比较厉害，但是该校是一所双非院校，比起985和211这类大学，稍显劣势。尽管该校是一所双非院校，但是林业工程、风景园林、林学这三个专业，在第四轮学科评估中被评为A类（要知道还有一些211大学最高只有B类学科），丝毫不弱于一些985、211高校，完全值得报考。

2、农林专业偏冷门

虽然该校的优势科目是农林专业，但是农林专业在整个大学专业报考程度中，属于偏冷门的专业，比不了金融、计算机等专业报考人数。虽然每年报考农林专业的人数不多，但是选择该专业的同学，一定都非常喜欢农林专业，这样也相当于筛选掉了部分不喜欢农林专业的同学，更加有利于学校的教学和人才培养。

3、学校课程多

初上大学时由于对课目的不熟悉，就会安排较多的课程，一般大一大二课程较多，但是南京林业大学是一直持续到大三，满满当当的课程，让很多以为上了大学就能轻松的同学措手不及，所以劝退大家不要来。但是这也正好说明学校的教学质量高，对同学负责，愿意在同学身上花很多的时间，培养出来的毕业生也比其它高校的能力和水平更高。