南通大学属于双非学校中档次较高的大学。南通大学是江苏省十五所中重点建设大学成员，也是南通唯一一所公办本科大学，所以可以说南通大学是南通最好的学校。

在校友会2020中国大学排名中，南通大学排在全国第206名，低于湖北的三峡大学，高于四川的西南民族大学；在江苏省内排在第18名，低于南京信息工程大学。而在2020软科中国大学排名中，南通大学排在全国第146名，低于天津师范大学；在省内排在第20名，低于江苏科技大学。

可见南通大学在全国排在200名左右，并且在省内也排名在中段，可以称的上是一所中等水平的高校。南通大学的学科实力、教学建设还是不错的，其中医学类学科的实力较为突出，还拥有国家特色专业建设点及多个实验室及研究基地。

南通大学的就业率也是非常可观的，总体就业率为98.12%，其中有一半以上的专业都达到了100%的就业率；除会计学、市场营销、公共事业管理（医学法学）、信息管理与信息系统4个专业以外，其余所有的专业就业率都达到了90%以上。