小学校与公学校的最大不同在于法律上：“常用国语（日语）者的初等普通教育，依据小学校令”。也就是入学小学校资格必须为日籍学童或通日语的台籍学童。不过一般来说绝大部分为前者。1898年小学校令明定小学校的就学资格为8岁以上，14岁以下的日籍儿童、并将本来的四年制教育延伸至六年，并设两年的寻常高等小学校（初中）。除此该规定还明定此小学校应教授的科目（作文、读书、习字、算术、唱歌与体操）、师资与例假日，除了某些部分因应台湾地区特殊情形外，小学校所有科目与师资等等规定，一律与日本本土寻常小学校完全相同。因为日籍学童人数较少，总督府也较为重视，日籍学童的小学校教学率达九成五以上，远比台籍学童就读公学校的七成一高，除此，也因为学习制度较能连接，小学校考上寻常高等小学校的比率远高于公学校毕业生注意：有关“小学校”的其他意思，请参看小学小学校（或称寻常小学校）与其他同时间台湾所设儿童义务教育学校最大不同的是，小学校为专供日籍学童所念，科目与日本本土一般的寻常小学校完全相同。战前小学校数目15校，学童人数达20000多人，日童就学率则达99.62%。