1、交易标的不同：新三板是纯粹的股权交易平台，交易标的是中关村科技园去非上市股份有限公司的股权;产权交易所则没有区分资产与股权的概念，交易标的包含股权，也涉及知识产权、技术产权、金融业产权等企业资产。所以严格意义来讲，产权交易所并不能被视为我国的证券市场的一部分，目前只能归其“场外交易市场”。

2、挂牌公司不同：新三板的挂牌公司一定是符合条件的非上市股份有限公司，产权交易所的交易主体并无此要求，股份公司、有限公司、甚至拥有经营性国有资产的事业单位，都可以成为交易主体。

3、管理机构不同：新三板目前由中国证券业协会监管;产权交易所的监管单位为各地方的国有资产管理部门。

4、交易制度不同：新三板的交易制度是按照“证券公司**股份报价转让制度”，即由买卖双方在协商议价后，再通过证券公司的委托报价和深圳证券交易所的清算交割平***成交易;产权交易所实际上只是一个由国有资产主管机构监管的交易所，并不存在交易系统，也不需要线上交易，只需要在监管部门的督导下完成产权交易即可。

5、交易监管规则不同：新三板的监管规则在挂牌公司治理结构、信息披露、财务数据等方面都比照了上市公司的要求，只是在具体标准上有所降低;产权交易所的监管规则由各地主管部门制定，通常没有太多限制，只是对国有资产的转让有严格的评估标准和评估程序。