磁窑镇因唐宋时期古磁窑址而得名。

汉高祖七年（前200年），于现镇驻地置钜平县治，属泰山郡。隋朝钜平并入宁阳，属泰山郡。宋元设巡检司。明、清两朝设太平社、太平镇、太平集。清末民初设太平镇、太平堡、钜平镇。1942年划归泰宁县，1950年设丁平乡，1956年3月磁窑归宁阳，1983年设磁窑镇，1985年撤区并乡镇，南驿区的磁窑镇、齐海乡与蒋集区的花观乡合并，设立磁窑镇。

2001年南驿镇并入。