现任校长：

张庆瑞(代理)

任期：2017年6月－迄今

国立台湾大学时期：

杨泮池

任期：2013年6月－2017年6月

李嗣涔

任期：2005年6月－2013年6月

陈维昭

任期：1993年6月－2005年6月

郭光雄　（代理）

任期：1993年2月－1993年6月

孙震

任期：1984年8月－1993年2月

孙震先生字伯东，山东省平度县人，1934年11月8日生，美国奥克拉荷马大学哲学博士，曾任教台湾大学经济学系，本校第8任校长，行政院经济建设委员会副主任委员、国防部长、行政院政务委员、工业技术研究院董事长。

虞兆中

任期：1981年8月－1984年7月

阎振兴

任期：1970年6月－1981年7月

钱思亮

任期：1951年3月－1970年5月

沈刚伯　（代理）

任期：1950年12月－1951年3月

傅斯年

任期：1949年1月－1950年12月

庄长恭

任期：1948年6月－1948年12月

陆志鸿

任期：1946年8月－1948年5月

罗宗洛　（校长）

任期：1945年10月－1946年7月

以及1928-1945日治时代历任四名日本校长。