乡镇卫生院是县或乡设立的一种卫生行政兼医疗预防工作的综合性机构，其任务是负责所在地区内医疗卫生工作，组织领导群众卫生运动，培训卫生技术人员。乡镇卫生院属于事业单位，目前还是使用国家编制，但带有一定的企业性质。

乡镇卫生院存在的问题

乡镇卫生院基础设施建设和装备水平还不容乐观。虽然大力开展了乡镇卫生院项目建设，部分乡镇卫生院的基础设施、院容院貌有了较大变化，但由于长期投入不足，大部分卫生院自我发展能力有限，本身没有能力进行设备更新和房屋改造。

夹缝中生存技术设备不如上级县级以上医院，灵活性不如村卫生所，比如价格、赊欠、熟悉度等。

机制不活管理不善。一些卫生院仍然沿袭计划经济时期的用人机制和分配方式，职工的积极性和主观能动性得不到充分发挥。一些县级卫生行政部门疏于对乡镇卫生院经营管理的指导，在一定程度上影响了乡镇卫生院的建设和发展。