三门峡南站距离三门峡市区3公里，距离陕州区中心6公里，站房面积14590平方米，车站规模2台4线。工程总建筑面积1.2万平方米，总投资1.20亿元。

总建筑面积33960平方米，站舍面积14590平方米，购票、候车、进出站等设施充满人性化和现代气息。乘高铁从三门峡南站到郑州最快仅用1小时06分钟，到西安北最快仅用48分钟，到洛阳仅用29分钟。

三门峡南站大楼东西长200多米，南北宽50米，大楼中间部分是4800平方米的候车大厅，可以容纳1000人同时候车。

大楼东西两侧为三层。西侧一层是售票大厅，共有13个售票口。除了人工售票外，大厅内还安放了两台自动售票机，旅客可自行操作购票。

另外还将在三门峡市区设立售票点，以方便市民购票。大楼东侧一层则是出站口。

三门峡南站站前广场方圆约300米，广场上的4排共40对宫灯又给广场添了不少古典韵味。广场总面积约6.4万平方米，其中，站前休闲广场达到2.1万平方米，公交、出租车站和停车场占了近三分之一。在广场东侧正在建设一个长途客运站，已投入使用。

迎宾大道是三门峡市区通往三门峡南站的主要连接线，设计车速为80公里/小时，双向10车道。

2019年12月10日起，三门峡南站将正式实施“无纸化”电子客票乘车。