不同：1、葡萄糖排列不同，直链淀粉葡萄糖分子排列整齐，支链淀粉葡萄糖分子排列不整齐;2、直链淀粉遇碘显蓝色，支链淀粉则显紫色;3、直链淀溶解性比支链淀粉大。

直链淀粉是一种非常有用的水解胶体，它的扩展的结构使得水溶淀粉有了更高的粘度以及对温度不敏感的特性。直链淀粉中还存在一些螺旋链，内部可以储存水分子，但实际上螺旋链内表面是具有一定疏水性的，因此其中的水分子是可以被更疏水的脂类和芳香类化合物取代，进而在结合和降温结晶的时候可形成凝胶和薄膜，释放其中的水。

而相比直链淀粉来讲，支链淀粉的特性刚好相反，易于分解，在水中更好的溶解性，使得支链淀粉成为了植物利用能量的一个绝好途径。