长门是查克拉耗尽而死的。

长门在与鸣人的交谈中,长门意识到了他的错误，使用了外道,这个术就把长门在木叶中***死的人,全部都复活了。卡卡西在使用最后的查克拉的时候说,如果用尽查克拉就会死掉,因为查克拉是与筋脉连接在一起,如果查克拉没有了,生命也会随之消失,因为长门用了很多个禁术所以查克拉用尽所以死掉了。