个体工商户申报个人所得税时，如果存在综合所得收入，可以选择在综合所得申报中扣除“投资者减除费用、专项扣除、其他”。这些费用和扣除项通常是指个人在投资、教育、医疗等方面所支出的费用或可以享受的税收优惠政策。
在选择是否在综合所得中扣除这些费用和扣除项时，需要根据自己的实际情况进行判断。如果这些费用和扣除项比较多，而且可以享受的税收优惠政策也比较多，那么选择在综合所得中扣除可能会更划算。因为这样可以减少综合所得的计税基数，从而减少个人所得税的缴纳金额。
但是，如果这些费用和扣除项比较少，而且可以享受的税收优惠政策也比较少，那么选择不在综合所得中扣除可能会更合适。因为这样可以避免繁琐的申报手续，同时也不会影响个人所得税的计算。

综合所得申报中扣除“投资者减除费用、专项扣除、其他”需要注意的是，需要保证这些费用和扣除项是符合国家相关政策规定的，否则可能会被税务部门认定为违法行为，从而产生不必要的法律风险。
因此，在选择是否在综合所得中扣除“投资者减除费用、专项扣除、其他”时，需要根据自己的实际情况进行合理的判断和选择，同时也需要了解相关政策规定，确保自己的申报行为合法合规。