深圳市食品药品监督管理局负责二类医疗器械备案的管理工作。根据《医疗器械监督管理条例》和《医疗器械注册与备案管理办法》，二类医疗器械备案是指对已经获得医疗器械注册证书的产品进行备案管理。以下是深圳二类医疗器械备案流程：
准备材料
在网上申报备案前，需要准备以下材料：
（1）《深圳市食品药品监督管理局二类医疗器械备案申请表》；
（2）医疗器械注册证书原件及复印件；
（3）产品说明书、产品标签、使用说明书、产品图片等相关资料；
（4）其他需要提交的材料。

网上申报
在深圳市食品药品监督管理局网站上进行二类医疗器械备案的网上申报。首先需要进行网上注册，然后登录系统，填写备案申请表和其他相关信息，上传材料，进行电子签名等操作。
审核
申请提交后，深圳市食品药品监督管理局将对申请材料进行审核。审核时间为30个工作日，如需补充材料，将在5个工作日内通知申请人补充。
备案
审核通过后，深圳市食品药品监督管理局将颁发二类医疗器械备案证书，并在备案公告栏公示备案信息。备案证书有效期为5年，到期后需重新备案。
总体来说，深圳二类医疗器械备案流程相对简单，但需要注意的是，备案前需要准备充分的材料，并且备案证书有效期较短，需及时进行续期。