对于因管理不善造成的原料损失，如果之前已经抵扣进项税额的话，现阶段应该进行以下处理：
对于已经抵扣的进项税额，应当按照税法规定进行调整。根据《增值税暂行条例》的规定，对于因生产经营活动发生的原材料、半成品、成品损失等，导致抵扣的进项税额不符合实际用途的，应当在缴纳当期税款时进行调整。
调整的方法为：将原先抵扣的进项税额减少，同时将应当减少的税额计入当期的销售成本中。这样可以保证纳税人的纳税义务得到合理的履行，同时也能够保证企业经营的正常运转。

对于原料损失的原因，应当进行仔细的分析和查找。如果是因为管理不善造成的，应当立即采取措施加强管理，避免类似问题的再次发生。如果是因为产品质量问题或者其他原因造成的，应当及时进行处理和调整，以保证企业的顺利运转。
总之，对于因管理不善造成的原料损失，应当及时进行调整和处理，以保证企业的正常经营和纳税义务的履行。同时，在日常经营中应当加强管理，避免类似问题的再次发生。