办理留抵退税是企业在进口货物后可以选择的一种退税方式。在办理留抵退税后，企业还需要承担一定的附加税费，对于这些附加税费的计算需要按照相应的规定进行。具体来说，企业在进行留抵退税时，需要根据相关法律法规进行计算。

留抵退税的附加税费主要包括增值税、消费税和关税。企业需要根据进口货物的性质和税收政策，按照相应的税率进行计算。对于增值税和消费税，一般是以货物的实际价值为基础，按照税率进行计算。而关税则是根据货物的类别和相关规定进行计算。

企业在计算附加税费时，需要考虑留抵退税的相关规定。根据留抵退税的规定，企业可以将进口货物的进口环节的增值税、消费税和关税抵扣到后续的销售环节中。但是，在抵扣过程中，企业需要按照一定比例进行抵扣，即留抵比例。留抵比例是根据税务部门的规定进行调整的，一般是30%、50%或80%等。

另外，企业在计算附加税费时，还需要考虑税费优惠政策的适用情况。根据国家的相关政策，对于一些特定的进口货物，可以享受一定的税费优惠，例如减免部分税率、暂免税等。企业需要根据具体情况进行计算，并按照相关的规定进行申报。

企业在进行附加税费的计算时，需要保证税款的准确性和符合法律法规的要求。在计算过程中，企业应当按照税法的规定进行操作，确保税款的真实性和合法性。同时，企业还应当及时了解相关政策和法规的调整，以及税务部门的要求，确保自身的合规性。

办理留抵退税后的附加税费计算是一个相对复杂且需要细致操作的过程。企业需要根据进口货物的性质和税收政策进行计算，并考虑留抵比例和税费优惠政策的适用情况。同时，企业还应当确保税款的准确性和合法性，遵守相关法律法规和税务部门的要求。通过合理计算和准确申报，企业可以最大限度地减少附加税费的负担，实现退税的目的。