客户在申请办理个人商业性住房贷款，银行审批通过，与之签订借款合同的同时就可以去申请办理公积金冲还贷业务。

而等之后贷款资金发放下来，只要还款首月用客户自有资金还款，从次月开始就可以用客户公积金账户里的余额来冲抵房贷。系统届时会自动从中扣取金额，无需客户再操作提取公积金出来，然后再还给银行。

如果客户选择的是月冲方式，那银行每月还款日都会从公积金账户里扣除相应余额用来还当月应还本息;而如果客户选择的是年冲方式，则是每年一次性从公积金账户里扣除余额用来抵偿应还本金。

上海的公积金一旦开始还商业贷款，就会被银行冻结，不可提取，只有商贷还完了才可以开始提取。