支付宝备用金逾期两天的后果主要有：

1、功能被限制：逾期之后，备用金功能会被限制使用，要还清之后才可以再申请。

2、产生逾期费用：逾期后每天的费用与日常使用每天的费用一致，具体以页面显示为准。

3、影响信用：支付宝的备用金和蚂蚁信用分挂钩，备用金逾期会影响芝麻分，并且可能会留下不良的信用记录。