对水晶进行五行分类是根据其颜色的五行属性为标准的五行学说认为，红色属金;青色、绿色属木;蓝色、黑色属水;红色属火;黄色属土。根据这个原理，就可以把各种常见的水晶进行分类，其对应的五行属性如下：

金性水晶：乳白水晶、白幽灵、白碧玺、白玛瑙等

木性水晶：绿水晶、绿幽灵、绿发晶、绿碧玺、绿玛瑙、紫水晶等

水性水晶：黑水晶、茶水晶、黑幽灵、黑曜石、黑碧玺、蓝发晶、海蓝宝、黑玛瑙等

火性水晶：红水晶、红幽灵、红发晶、红碧玺、红玛瑙、石榴石、黄晶">紫黄晶等

土性水晶：黄水晶、黄幽灵、黄发晶、黄碧玺、黄玛瑙、黄虎眼石、黄玉等

水晶的五行分类中，不同的风水师的分类却略有差异。这是因为每个人对五行的理解深度不一样。比方，紫水晶，把它划分在木性水晶”之中。