1、财务报表的透明度不同：独立核算是指公司的财务报表需要经过独立的会计师事务所审计，使得公司的财务状况更加透明。而独立核算自负盈亏则是指公司个人负责编制财务报表，并对其真实性和准确性负责；

2、盈利责任的不同：独立核算意味着公司的盈利和亏损由公司个人承担，而独立核算自负盈亏则意味着公司的盈利和亏损将分别由股东和公司承担；

3、风险分散的不同：独立核算是将风险分散到不同的部门或个人身上，以减轻整个公司的风险负担。而独立核算自负盈亏则是将风险集中在公司内部，由公司自行承担。