1、定义不同：同业存单是由银行发行的用于筹集短期资金的债务工具，可在发行期内进行买卖转让。同业存款则是指银行之间彼此存贷的资金交易过程，通常以较短的期限为主；

2、市场流动性不同：同业存单作为一种债务工具，可以在银行间市场进行买卖转让，具有较高的流动性。同业存款主要以期限较短、利率较低等特点为基础，在流动性方面比同业存单差一些；

3、利率水平不同：同业存单利率较高，在银行间资金融通市场中是比较有吸引力的资产。同业存款的利率相对同业存单较低，但银行间存款相对比较安全、流动性相对较好，在资金融通市场中具有一定的市场流动性；

4、信用风险不同：同业存单的发行机构是银行，信用风险较低，但仍然可能存在付款风险和违约风险等问题。同业存款涉及的两个交易对手银行的信用状况，银行信用评级越高，其定价也越高，信用风险更低。