2017年版药品目录由凡例、西药、中成药和中药饮片四部分组成。凡例是对药品目录的编排格式、名称剂型规范、限定支付范围等内容的解释和说明，西药部分包括了化学药和生物制品，中成药部分包括了中成药和民族药，中药饮片部分采用排除法规定了基金不予支付费用的饮片。
西药、中成药部分共收载药品2535个，较2009年版目录新增339个，增幅约15%。其中西药1297个，中成药1238个，甲类药品西药增加53个品种，中成约增加了38个品种。中药饮片部分未作调整，仍沿用2009年版药品目录的规定。
为落实《国家职业病防治规划》和《关于印发加强农民工尘肺病防治工作的意见的通知》，目录制定中对工伤保险用药予以特殊考虑：一方面充分考虑了职业病等特殊疾病的用药需求，新增了治疗尘肺病的汉防己甲素等药品；另一方面药品目录中A型肉毒毒素注射剂等5种药品的“备注”一栏标为“限工伤保险”，这些药品仅限于工伤保险基金支付，而不属于基本医保基金的支付范围，也就是说工伤保险的用药范围要超过基本医疗保险的用药范围。