1、发行制度不同：科创板为注册制，注册企业需经过多轮问询，注册审核流程较为严格，对企业市值、营收、净利等指标的要求也较高。新三板注册公司提交挂牌申请材料后，全国股转公司会针对性地提出询问，注册审核流程相对较为宽松，对企业的硬性量化指标仅需经营满两年；

2、交易方式不同：科创板为上交所，属于场内市场，与上海证券交易所的“创业板”较为类似，交易方式包括竞价方式、大宗交易和盘后固定价格交易等多种形式，股票的成交量和流动性比较强。新三板为全国中小企业股份转让系统，属于场外市场。新三板企业挂牌时无公开发行环节，股票成交量小，流动性相对比较差。