公积金贷款买房和商贷买房的区别主要在于：

1.利率不同：

公积金贷款执行的是央行贷款基准利率，而在央行公布的贷款基准利率当中，五年以上公积金贷款年利率为3.25%（二套公积金贷款利率为基准利率的1.1倍）。商业贷款则是以相应期限的LPR为定价基准加点形成。而5年期以上LPR报价为4.6%，至于基点数，各地各银行都可能不一样。

2.首付比例不同：

如果是建筑面积在九十平方米（含）以内的房屋，客户申请公积金贷款购买首套房，那首付一般最低两成就行了；建筑面积在九十平方米以上，首付比例最低是三成。而办理商业贷款购买首套房，首付比例普遍得在三成（含）以上。

3.办理机构不同：

公积金贷款一般是直接去当地的住房公积金管理中心办理；而商业贷款则是客户选定一家银行办理即可。