学校溯源于1906年建立的川东师范学堂，几经传承演变，1936年更名为四川省立教育学院。

1950年，四川省立教育学院的教育、国文、外文、史地、数学等系与1940年成立的国立女子师范学院合并建立西南师范学院，农艺、园艺和农产制造等系与1946年创办的私立相辉学院等合并建立西南农学院。1985年，两校分别更名为西南师范大学、西南农业大学。

2000年，重庆市轻工业职业大学并入西南师范大学；2001年，西南农业大学、四川畜牧兽医学院、中国农业科学院柑桔研究所合并组建为新的西南农业大学。

2005年，西南师范大学、西南农业大学合并组建为西南大学，开启了学校发展崭新篇章。