1、所处国家不同：

CNS是国内对Cell、Nature、Science三大顶级杂志的简称，被这三大顶级杂志收录的论文即为CNS论文。SCI论文是被SCI（ScientificCitationIndex，《科学引文索引》）所刊登的论文，SCI是美国科学信息研究所编辑出版的引文索引类刊物。

2、方向不同：

SCI不是指哪个期刊，SCI是一种搜索引擎，它是负责收录优秀的期刊并且给它们归类和排名。而CNS是很具体的指定，是指CELL、NATURE、SCIENCE生物学三大核心期刊。简单的来说SCI里包含CNS，CNS是SCl里的最TOP。

cns介绍：

神经系统的主要部分。其位置常在动物体的中轴，由明显的脑神经节、神经索或脑和脊髓以及它们之间的连接成分组成。在中枢神经系统内大量神经细胞聚集在一起，有机地构成网络或回路。

中枢神经系统是接受全身各处的传入信息，经它整合加工后成为协调的运动性传出，或者储存在中枢神经系统内成为学习、记忆的神经基础。人类的意识、心理、思维活动也是中枢神经系统的功能。

SCI所收录期刊的内容主要涉及数、理、化、农、林、医、生物等基础科学研究领域，选用刊物来源于40多个国家，50多种文字，其中主要的国家有美国、英国、荷兰、德国、俄罗斯、法国、日本、加拿大等，也收录部分中国（包括港澳台）刊物。