平均海拔201米清原县地势东南高西北低，低山丘陵与河谷交错，中部沿浑河河谷平原向西逐步低缓。

境内山脉属长白山龙岗支脉。海拔在500米以上的山峰有30余座。最高山峰有南部的龙岗，海拔1100.1米；次之为北部的莫日红，海拔1013.4米。最高海拔为1100.1米，最低海拔136.2米，素有“八山一水一分田”之称。