大肠菌群主要包括肠杆菌科中的韵埃希氏菌属、柠檬酸杆菌属、魔雷伯氏菌属和肠杆菌属。这些属的细菌均来自于人和温血动物的肠道；在35～37℃条件下，48 小时内能发酵乳糖生酸产气。大肠菌群中以埃希氏菌属为主，埃希氏菌属教俗称为典型大肠杆菌。大肠菌群都是直接或间接地来自人和温血动物的粪便。本菌群中典型大肠杆菌以外的菌属，除直接来自粪便外，也可能来自典型大肠杆菌排出体外7～30 天后在环境中的变异。所以食品中检出大肠菌群即表示食品受到人或温血动物的粪便污染，其中典型大肠杆菌为粪便近期污染，其他菌属则可能为粪便的陈旧污染。