1996年成立原湖南医科大学药学系，1997年面向全国招收四年制药学本科学生，2002年4月将原湘雅医学院药学系、基础与临床药理研究所，第一、第二、第三临床学院药剂学学科调整组合成立中南大学药学院。学院现设4个教学机构，2个科研机构。其中心血管研究实验室是湖南省重点实验室、分子设计及药物发现研究所是湖南省首家以计算机为工具进行药物设计与开发的科研机构。学院设有1办7系1室2所2中心（综合办公室；药理学系、药物化学系、药剂学系、药物分析学系、天然药物学系、临床药学系和药事管理学系；湖南省心血管研究重点实验室；中南大学药物研究所、计算机药物辅助设计研究室；药学实验教学中心和湖南省执业药师培训中心中南大学培训站。）学院有博士后流动站1个（药学），博士授权点1个（药理学，1981年批准），硕士授权点5个（药理学、药物化学、药剂学、药物分析学、生药学）。药理学为全国重点建设学科和全国精品课程，药学专业为湖南省普通高等学校重点专业。