上海九院全称为“上海交通大学医学院附属第九人民医院”，前身是伯特利医院，1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院。

2055年上海第二医科大学与上海交通大学合并，成为上海交通大学医学院，九院遂更名为上海交通大学医学院附属第九人民医院，简称上海九院。