牡丹区辖10个街道、12个镇、2个乡：东城街道、西城街道、南城街道、北城街道、牡丹街道、丹阳街道、岳程街道、佃户屯街道、何楼街道、万福街道、沙土镇、吴店镇、王浩屯镇、黄堽镇、都司镇、高庄镇、小留镇、李村镇、马岭岗镇、安兴镇、大黄集镇、吕陵镇、胡集乡、皇镇乡。其中丹阳街道、岳程街道实际由开发区管辖。