河豚毒素最多的部位是卵巢、肝脏，其次就是肾脏、血液、眼睛、鳃和皮肤中，这些部分是含有剧毒的，不可食用，河豚的肉质部分是没有毒素的，所以在完整的剔除河豚含有毒素的部位之后，其肌肉部分是可以食用的。但是也需要注意，在死亡的河豚其它部位的毒素也会有一部分扩散到肌肉，此时的肌肉中会含有少量毒素，不可食用。 河豚的毒性大小也跟其生殖周期有一定的关系，在每年的2~5月为卵巢发育期，这时候的河豚毒性最大，而到了6~7月后，产卵期过，卵巢萎缩，毒性就减低，所以尽量选择6~7月得时候食用河豚。