分子轨道理论又称分子轨道法或MO法，1932年由美国化学家密立根及德国物理学家洪特提出。是现代共价键理论之一。

它的要点是：从分子的整体性来讨论分子的结构，认为原子形成分子后，电子不再属于个别的原子轨道，而是属于整个分子的分子轨道，分子轨道是多中心。分子轨道由原子轨道组合而成，形成分子轨道时遵从能量近似原则、对称性一致原则、最大重叠原则，即通常说的成键三原则。在分子中电子填充分子轨道的原则也服从能量最低原理、泡利不相容原理和洪特规则。