全院占地面积20752平方米，建筑面积26047平方米，固定资产2155万元，医疗设备1020万元，万元以上设备110台件，设病床600张，年门诊量40多万人次，年收治住院病人4000余人次。南京中医院设有临床科室25个，医技科室15个，开展41个专业，14个实验室，9个诊疗中心，并有多项省级特色项目。其中妇产科为江苏省重点学科，也是南京首家开展妇科产科微创手术的三甲医院。是江苏科研先进单位，是“***医学院，江苏中医学院”等院校的实习基地，并多次受到南京市***的嘉奖和鼓励，先后被授予总后十佳先进集体、先进基层党组织、南京市医疗质控先进单位、全国百姓诚信示范医院、最具影响力品牌医院、省市医保定点单位、新农合定点单位等多项荣誉称号。医院技术力量雄厚，科室设置安全。全院753名职工中，卫生技术人员557名，高级职称71名，中级职称167名，初级职称319名，全国首批确定的500位名老中医药专家2名，省级名中医7名，省名中西医结合专家4名，市名中医7名。全院有68位专业人员被南京中医药大学兼聘教学职务，教授19名副教授16名，讲师43名，设临床一级科室19个，医技科室5个，其他业务科室12外。