副主任科员首先套改为四级主任科员，然后按照两年的晋升条件限制，可以晋升到三级主任科员，年限够四年的，可以直接晋升到二级主任科员，相当于原来的主任科员。

副主任科员任职够三年可以晋升为主任科员，也可以晋升实职科长，这条道路的含金量极具吸引力。职级并行改革后，如果副主任科员要走领导职务的渠道，可能只可以调整为副科长，在级别的晋升上，由于副科长有一年的试用期，可能不会优先考虑晋升级别。