贝加尔湖是世界上最深的淡水湖，但是它并非完全没有盐分。虽然湖水中的盐含量较低，但是由于水中溶解了一些矿物质，导致湖水中存在微量的盐分。这些矿物质主要来自于湖周围的土地和河流流入湖水中的溶解物质。

另外由于湖泊自身的地质构造和地下水的输入，还可能导致湖水中的一些地下盐水流入湖中。另外由于贝加尔湖是一个封闭的湖泊，没有排水溢出，这意味着它的水循环非常缓慢。湖泊中的水可以在湖内循环多年，使得湖中的盐分逐渐积累。

另外湖水蒸发时会形成结晶，其中包含的盐分也会留存在湖中。虽然贝加尔湖的盐含量很低，但是由于湖水深度和广阔的面积，加上湖泊周围无工业和农业污染，湖水仍然可以被归类为淡水湖。