水烟有危害，抽吸水烟者在抽吸过程中会吸入数量可观的有毒物质和致癌物例如烟草特有亚硝胺、多环芳烃、甲醛等挥发性醛，还有一氧化氮和重金属。而且，抽吸水烟的人会比抽普通卷烟的人接触更多一氧化碳、多环芳烃，和相似量的尼古丁。在水烟的使用过程中，使用者会吸入大量的有毒物质(从少于1到10的香烟当量)。这绝对不是一种健康安全的行为。

使用水烟还会对我们的呼吸系统（主要是慢性支气管炎）、心脏系统、口腔和牙齿有不良影响，长期的水烟使用者在慢性阻塞性肺病和牙周病上发病率较高。使用水烟还会导致肺癌、口腔癌、食道癌、膀胱癌、胃癌和低出生体重。除此之外，有研究表明抽水烟也会上瘾，因为它也有尼古丁这种致瘾物质存在。