1、性质不同

元音：又称母音，是音素的一种，与辅音相对，是在发音过程中由气流通过口腔而不受阻碍发出的音。

辅音：又叫子音，是气流在口腔或咽头受到阻碍而形成的音。

2、发音特点不同

元音：发元音时，气流从肺部通过声门冲击声带，使声带发出均匀震动，然后震音气流不受阻碍地通过口腔，通过舌、唇的调节而发出不同的声音。发元音时声带必然震动，这叫做浊元音。也有的语言发元音时声带不振动，发出清元音。

辅音：发音时气流受到发音器官的各种阻碍，声带不一定振动，不够清晰响亮的音素叫辅音。气流从肺里出来不一定振动声带，通过口腔时受到一定的阻碍，这种主要依靠阻碍发出的音叫辅音。