天气原因：天气条件恶劣，出现暴风雪、大雾等天气，行驶视野不佳，为了安全着想，也会减速慢行，一减速火车无法按照约定的时间进站，就会出现晚点的情况。

为动车让行：列车行驶有一个基本原则，普通列车需要给快车让行，列车也会随着晚点，导致后方整条路线的列车都晚点。

某些车站的上下车时间过长：车站的停车时间通常在两分钟左右，但可能部分车站的人流量特别大，上下车的时间也开始延长，再依次往后推，火车就会出现晚点的情况。

上个时间段的火车晚点：每逢节假日像国庆、五一、端午等交通高峰期越是可能出现火车晚点的情况，上个时间段的火车一晚点，就会造成整个路线的火车都不能按照原定计划发车。