鳄鱼有天敌。鳄鱼的天敌有蚺、蟒蛇、美洲狮、非洲狮、食人鱼、公牛鲨、河马、大象、犀牛等。小型鳄鱼的天敌是鲸头鹳，鲸头鹳鸟喙宽达12厘米，是所有鸟当中最大的。鸟喙尖端弯曲呈钩状，而且很尖锐，如快刀般锋利。主要以肺鱼、六须鲶鱼等鱼类为食，也捕捉小鳄鱼、甲鱼、水蛇、蜗牛、青蛙等动物作为食物。