1、含义上的区别

分子晶体是分子间通过分子间作用力（包括范德华力和氢键）构成的晶体。

原子晶体是相邻原子之间只通过强烈的共价键结合而成的空间网状结构的晶体。

离子晶体是指由离子化合物结晶成的晶体，离子晶体属于离子化合物中的一种特殊形式，不能称为分子。

2、性质上的区别

分子晶体在固态和熔融状态时都不导电；其溶解性遵守“相似相溶”原理。极性分子易溶于极性溶剂，非极性分子易溶于非极性的有机溶剂；分子间的作用力很弱，分子晶体具有较低的熔点、沸点，硬度小、易挥发，许多物质在常温下呈气态或液态。

原子晶体一般具有较高的熔点，沸点和硬度，在通常情况下不导电，也是热的不良导体。熔化时也不导电，但半导体硅等可有条件的导电。不易溶于任何溶剂，化学性质十分稳定。

离子晶体整体上具有电中性，这决定了晶体中各类正离子带电量总和与负离子带电量总和的绝对值相当，并导致晶体中正、负离子的组成比和电价比等结构因素间有重要的制约关系。

3、晶体结构上的区别

分子晶体是紧密堆积方式，如干冰的范德华力1个分子周围紧邻12个分子，冰的范德华力、氢键1个分子周围紧邻4个分子。

原子晶体是空间立体网状结构，如金刚石、晶体硅、二氧化硅等。所有原子间只靠共价键连接成一个整体。

离子晶体是对称性，晶体中可以找到对称面及对称中心。晶胞是晶体的代表，是晶体中的最小单位，晶胞无隙并置起来得到晶体。