1969年10月，水利电力部军事管制委员会宣布撤销水电总局，白龙江工程局由原水电总局归口管理改为直属水利电力部。同年12 月，正式更名为水利电力部第五工程局，直属水利电力部。

1979年2月，国务院批准撤销水利电力部，分别成立电力工业部和水利部。水利电力部第五工程局更名为水利部第五工程局，隶属水利部，归口水利部基本建设司管理