菏泽学院专科专业包括商务英语、会计电算化、物流管理、电子商务、经济管理、市场营销、初等教育、应用电子技术、电子信息工程、技术应用、机电一体化技术、环境艺术设计等。

学校设有21个教学单位，拥有64个本科专业，涉及文学、历史学、经济学、法学、理学、工学、农学、教育学、管理学、艺术学十大学科门类。拥有山东琴书传承研究省文化艺术重点学科，山东省工程实验室2个。

学校在职教职工1640人，其中专任教师1179人，具有硕士、博士学位教师940人，高级职称教师近500人。拥有教育部高等学校教学指导委员会委员、国培计划专家5人，省本科教育教学指导委员会委员、山东省教学名师等8人，获批省高等学校“人才引育计划”团队、“青创科技计划”团队、青创人才引育计划建设团队等3个。