云南省烟草专卖局成立于1983年11月，云南省烟草公司成立于1982年4月。

1985年1月，云南省人民***与中国烟草总公司签署《关于云南省烟草公司上划交接协议书》，决定自1985年1月1日起，云南省烟草公司上划中国烟草总公司，更名为中国烟草总公司云南省公司。

2021年，云南省局（公司）下辖昆明、玉溪、曲靖、红河、楚雄、大理、昭通、保山、文山、普洱、丽江、临沧、德宏、西双版纳、怒江、迪庆等16家地市级烟草专卖局（公司）、129家县级局（分公司）；云南省烟草烟叶公司、中国烟草云南进出口有限公司、云南烟叶复烤有限责任公司、云南华叶投资有限责任公司、云南香料烟有限责任公司等5个直属企业和云南省烟草农业科学研究院、云南省烟草质量监督检测站等2个直属事业单位。省局（公司）机关下设15个职能处室；7个专业部门。