羽林军在汉朝主要充当的就是皇宫近卫的作用，职能类似于后来的锦衣卫等大内侍卫，但地位更高。

东汉时期“南军”名称已不复存在，但是“光禄勋”和“卫尉”还在。“光禄勋”下设七署，其中就有两署包括羽林军，具体情况是这样的，羽林中郎将下属“羽林郎”128人，为皇帝的宿卫侍从；羽林左、右监下属羽林左骑800人、羽林右骑900人，担任宿卫侍从和“出充车骑”，人数还在两千人左右。