在《像素工厂》游戏中，要升级核心，首先需要在游戏中找到一种叫做“能量水晶”的道具。

该道具可以在游戏中的能源站、科研中心以及月岩地图的野外获得。获得了能量水晶之后，打开自己的科技树，找到对应的科技，点击科技树中右下角的“升级”按钮即可进行核心的升级。升级核心需要消耗一定的能量水晶，随着核心等级的提升，所需能量水晶的品质也会逐渐提升。核心共分为五级，每升级一级都会解锁新的建筑、武器、技能和兵种。核心建筑等级越高，能够同时进行的科研项目就越多，这对于游戏的进行和通关是非常关键的。