tRNA的二级结构为三叶草结构.其结构特征为：
(1)tRNA的二级结构由四臂、四环组成.已配对的片断称为臂,未配对的片断称为环.
(2)叶柄是氨基酸臂.其上含有CCA-OH3’,此结构是接受氨基酸的位置.
(3)氨基酸臂对面是反密码子环.在它的中部含有三个相邻碱基组成的反密码子,可与mRNA上的密码子相互识别.
(4)左环是二氢尿嘧啶环(D环),它与氨基酰-tRNA合成酶的结合有关.
(5)右环是假尿嘧啶环(TψC环),它与核糖体的结合有关.
(6)在反密码子与假尿嘧啶环之间的是可变环,它的大小决定着tRNA分子大小.