1、本质不同：黑骨茶学名小果柿，其本身就是一种观赏性的盆景；小叶紫檀属于乔木，是紫檀木中的王者。

2、科属不同：黑骨茶是柿树科柿树属，小叶紫檀是蝶形花科紫檀属。

3、枝干不同：黑骨茶树干大多是黑褐色，会有裂纹出现，但裂纹大多较细，分支较多，容易出造型；小叶紫檀的树皮大多为深褐色，多数都会开裂，裂纹大多呈长方形的薄片，树干通直，很少会有弯曲现象出现。

4、叶子不同：黑骨茶的叶子成鸡心形，颜色大多数为浓绿色，幼苗时期呈现嫩红色；小叶紫檀的叶子呈椭圆形或者是圆形，叶尖尖不明显或者呈现凹陷的状态，幼苗的时候叶子的颜色较淡，嫩绿色，随着生长，颜色也会逐步加深。

5、味道不同：黑骨茶树木叶汁散发出来的香味非常明显，盆栽生长过程中即可闻到；小叶紫檀本身具有檀香味，但是这种味道是极淡的，特别是幼苗，几乎闻不到味道。