三更半夜，有的读三jīnɡ半夜，有的读三ɡēnɡ半夜，何者对？

后者正确，辞书无一例外都这样注明。

那么“三jīnɡ半夜”读法哪来的？查《异读词审音表》，其中有“更ɡēnɡ”，举例“五更”。

这就说明“五更”之类过去是有异读的。