1、农村信用社是参照商业银行法管理的，地方性农村银行类合作金融机构。现在实行省县双级法人制度。即县联社是一级法人，省联社是省***管理信用社的平台法人。
2、农村合作银行是银行。即地方性农村合作银行。
3、农村商业银行，就是完全按照商业银行法管理的了，地方性农村商业银行了。
一主要区别是：法人治理结构不同，其实历史起源都是农村信用社。以后的改制目标都是完全的商业银行。
二具体区别：还有资本金，拨备要求，业务限制等等。
具体到银行卡，不论是农村信用社，或者农村合作银行，还是农村商业银行，的银行卡，都是正经的标准的银联卡。可以通存通兑。